Le stagioni di C e la retrocessione in D

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Dopo la finale di Ancona, la Nocerina subì continui avvicendamenti sia societari che tecnici. La squadra fu affidata a diversi allenatori con conseguenti risultati poco soddisfacenti. Nel campionato 2000-2001 arrivò addirittura la retrocessione in C2. Grazie al ripescaggio, però, i molossi riuscirono a conservare la C1. L’opportunità concessa dalla Federazione non fu sfruttata. Nella stagione successiva arrivò la retrocessione in C2 per mano del Benevento che sconfisse i molossi ai play-out. La musica non cambiò negli anni seguenti. La Nocerina arrivò a giocarsi i play-out di C2 contro il Morro D’Oro nella stagione 2004-2005. I molossi ebbero la meglio, ma non riuscirono ad evitare la retrocessione in serie D nel 2006-2007.